珠澳跨境工业区的建立将有助于整合珠澳两地各自的优势，实现两地制度优势、充裕土地及劳力以及雄厚科技实力的共享，促进两地产业分工和布局的互补，从而提高珠澳两地的经济发展潜力，共同打造珠三角西冀经济中心及粤西商贸服务平台。具体来说，珠澳跨境工业区将对珠海工业西进战略起到助推器的作用，带动其产业结构的优化升级和生产技术的更新换代，促进珠海优势产品的出口，通过出口贸易额的增加拉动整个珠海经济的发展；而对于澳门，珠澳跨境工业区则有助于拓广澳门企业的发展空间，使其更方便地联系国内市场，以带动澳门第二产业的发展，振兴澳门纺织服装业，优化澳门产业结构，对博彩业独大所带来的深层发展隐患形成必要的缓冲和预防。